Sanins veut dire « Sages ». Ce sont des ninjas légendaires qui sont plus puissants que les jounins. Ils sont au nombre de trois : Jiraiya, Tsunade et Orochimaru. Ils furent tous entraînés par le 3ème Hokage et peuvent invoquer les animaux qu'ils maîtrisent le plus.

Jiraiya

   Il passe son temps à écrire des livres, dont le paradis de la drague, un des livres préférés de Kakashi qu’il lit n’importe où, même lorsqu’il s’entraîne. D’ailleurs pour écrire ses livres, il n’hésite pas à s’inspirer de jolies jeunes filles qu’il espionne dès qu’il en aperçoit. Il ne s’est d’ailleurs jamais fait prendre, d’où son art de l’espionnage.

Jiraiya est un ninja très puissant, et c’est d’ailleurs le maître des grenouilles. C’est aussi un spécialiste dans le maniement des sceaux. Yondaime fut son premier élève. Il lui a notamment enseigné l’invocation de Gamabunta (le maître des grenouilles) qui demande une énorme quantité de chakra. Mais son élève a aussi inventé le Rasengan qu’il a enseigné à son maître.

Après la guerre de Konoha, il est devenu ermite car il a décidé de ne plus se mêler des affaires des autres. Mais ensuite il est revenu au village Konoha pour le protéger, lors de sa destruction par Orochimaru.

Naruto étant recherché par l’Akatsuki, Jiraiya a décidé de reprendre son statut de professeur pour qu’il puisse se défendre, mais aussi parce qu’ils avaient eu tous les deux des similitudes dans leur enfance, comme l’épreuve des cloches. Ainsi le Sannin lui a appris plusieurs techniques, notamment le Rasengan, et l’invocation de grenouilles.

A la fin de la tentative de destruction de Konoha, le conseil proposa à Jiraiya de devenir le prochain Hokage, suite à la mort de Sandaime, mais il refusa. Il pensa donc à Tsunade pour prendre la relève. Il est donc ensuite parti avec Naruto pour la chercher.

Koichi Tsunade

   Koichi Tsunade est la plus puissante des Kunoichis (femme ninja). Elle possède une force physique surhumaine. C’est la petite fille du Shodaime Hokage. Elle a la folie des jeux d’argent, mais perd tout le temps car cette femme a la poisse. C’est aussi une alcoolique qui adore le Sake.

Elle est spécialiste dans l’art de la médecine. Elle invente toute sorte de remèdes et de jutsus médicaux. C’est d’ailleurs elle qui a permis à Rock Lee de remarcher à la suite de son combat contre Gaara lors de l’examen Chuunin. Grâce à ses jutsus, Tsunade a une très bonne santé, elle paraît jeune, mais elle a en fait plus de 50 ans. Elle possède d’ailleurs une technique de régénération absolue grâce à son sceau situé sur son front. Ce sceau lui permet de renouveler toutes les cellules de son corps, mais en contrepartie, il diminue l’espérance de vie de la personne qui l’utilise. Elle est aussi capable d’invoquer Katsuyuu, une limace géante.

Tsunade a perdu son frère et son fiancé lors d’une des grandes guerres de Konoha, alors qu’ils rêvaient tous deux de devenir Hokage. Depuis elle ne comprend pas pourquoi les gens s ‘acharnent à devenir Hokage, car cela amène à la mort. Depuis cet accident tragique, elle a eu la phobie du sang. En rencontrant Naruto, elle a fini par changer d’avis et a perdu sa phobie.

Jiraiya ne voulant pas devenir Hokage, il conseilla Tsunade qui est donc devenue la Godaime Hokage. Elle a pour disciples Shizune et Sakura, à qui elle a appris nombre de ses jutsus médicaux.

Orochimaru

   Orochimaru était un élève très doué, et d’ailleurs le préféré de Sandaime. C’est probablement le plus puissant des Sannins. Il est capable d’invoquer des serpents. Il fut le maître d’Anko Mitarashi, l’examinatrice de la seconde épreuve de l’examen chuunin. Son but est de vivre éternellement pour connaître et maîtriser toutes les techniques qui puissent exister, et ainsi devenir le plus puissant des ninjas.

A la nomination du Yondaime par Sandaime, Orochimaru n’ayant pas été choisi, il projetta de se venger de Konoha et de tuer Sandaime. Plus tard, il fut banni de Konoha à cause des expériences qu’il mena sur des humains pour développer son jutsu d’immortalité. C’est donc un criminel de rang S répertorié dans le livre Bingo.

Puis il a rejoint l’Akatsuki, une organisation secrète où il retrouva Itachi Uchiwa, mais la quitta rapidement parce que ce dernier était beaucoup plus fort que lui. Mais il découvrit alors les avantages du Sharingan. En effet, en possédant le Sharingan, il pourrait se rapprocher très rapidement de son but : copier toutes les techniques et détruire les Kages afin de devenir le ninja le plus puissant. Ainsi il chercha Sasuke Uchiwa pour posséder ce fameux Sharingan.

Pour se venger de Konoha, il fonda ensuite son propre village, le village du son. Accompagné de son fidèle serviteur Kabuto, ce dernier s’implanta dans Konoha pour espionner le village. En tuant le Kazekage du village du sable et en se faisant passer pour celui-ci, Orochimaru manipula le village du sable, et avec l’aide de son propre village, s’est attaqué à Konoha. Sandaime lui a fait perdre l’usage de ses deux bras pour ne plus faire des sceaux avec ses mains, mais a ensuite perdu la vie. Orochimaru a ensuite cherché Tsunade dans le monde pour pouvoir réutiliser ses bras avec ses jutsus médicaux, mais celle-ci refusa.

Orochimaru a développé une technique interdite temporaire, celle de transférer son esprit dans un corps. Malheureusement, on ne peut utiliser cette technique que tous les trois ans. Mais Orochimaru possédant le jutsu d’immortalité, il attend de posséder le corps de Sasuke pour l’utiliser. Actuellement, Orochimaru, accompagné de Kabuto, entraîne Sasuke pour surpasser Itachi, et ensuite posséder son corps.