Le chakra ( littéralement roue ) est la source d'énergie qui permet aux ninjas d'effectuer des techniques spéciales, nommées jutsu. Généré dans le corps, il est le résultat de la combinaison de l'énergie physique et de l'énergie spirituelle du ninja. Le chakra circule dans le corps dans un réseau de chakra, comparable à des vaisseaux sanguins; mais ayant un débit limité par huit portes et passant par 361 tenketsu, points permettant par une pression, soit d'augmenter, soit de diminuer (voire de stopper) les flux de chakra. Ainsi, les techniques des 64 et des 128 coups divins de la famille Hyuuga peuvent, grâce au Byakugan, stopper les flux de chakra de l'adversaire.

                                              Différentes sortes de chakra
Le Chakra peut être visible à l'oeil nu et fait office d'aura autour du ninja, son chakra est généralement de couleur bleue, néanmoins nous pouvons trouver quelques exceptions, un ninja exerçant des jutsus médicaux utilise un chakra de couleur verte, un démon tel que Kyubi possède un chakra de couleur rouge (Ainsi, lorsque Naruto est possédé par un chakra rouge, nous savons qu'il utilise la force de Kyubi), un ninja ayant le sceau maudit d'Orochimaru possède un chakra violet, etc...

Notons qu'il existe deux types de Chakra, l'énergie corporelle et l'énergie spirituelle :

L'énergie corporelle est produite par toutes les cellules du corps tandis que l'énergie spirituelle est acquise grâce à l'entraînement et l'expérience.
Afin de réaliser un Jutsu, il faut donc combiner les deux types de Chakra et l'expulser par le biais de mouvements spécifiques (ses mouvements se faisant avec les mains et représentent les douze signes du zodiaque chinois).

                                  Le Système circulaire du chakra
Le système circulaire du Chakra est comparable au système sanguin, ainsi le Chakra circule dans tout le corps qui contient 361 ouvertures appelées les Tenketsus. Le Chakra se libère par ses mêmes Tenketsus. Le système circulaire du Chakra et le système sanguin sont liés, ainsi, si un des deux systèmes est touché les organes internes sont automatiquement attaqués.

Dans ce système, il existe 8 portes qui se trouvent dans chaque zones du corps et contrôlent constamment le flux de Chakra qui circule dans le corps du Shinobi.
   1 - Porte de l'ouverture
                                                                                   2 - Porte de l'énergie
                                                                                   3 - Porte de la Vie
                                                                                   4 - Porte de la douleur
                                                                                   5 - Porte de la Forêt  
                                                                                   6 - Porte de la Vision
                                                                                   7 - Porte de la Folie
                                                                                   8 - Porte de la Mort
     L'ouverture des portes permet d'augmenter jusqu'à dix fois la force et la vitesse de son utilisateur.
Mais cela lui est très néfaste : ouvrir les premières portes le fatigue considérablement.
L'accès à la porte de l'ouverture libère le contrôle du cerveau et permet au Shinobi d'utiliser ses muscles jusqu'à leurs paroxysmes : l'ouverture de la porte de l'énergie augmente la force, etc...
En ouvrant les 8 portes, le Ninja peut avoir temporairement un pouvoir supérieur à l'Hokage, toutefois, il en mourrait.

                                       Comment contrôler son chakra ?    

Pour des techniques de Ninjutsu ou Genjutsu, le Chakra est requis. Afin que la réalisation du Jutsu soit idéale, il faut que le Ninja malaxe son Chakra à la perfection. Si le Ninja ne le malaxe pas correctement, il produira une quantité de Chakra supérieure au nécessaire, il gaspillera donc ses forces.

Deux entraînements sont indispensables pour qu'un Ninja malaxe son Chakra à la perfection :

Le fait de grimper aux arbres sans les mains, le Ninja doit continuellement produire une certaine quantité de Chakra et la concentrer dans ses pieds. La quantité de Chakra diffusée dans chaque pieds doit être proportionnelle afin que le Ninja puisse "marcher sur les arbres".

Le fait de marcher sur l'eau, la quantité de Chakra générée dans les pieds du Ninja doit être suffisante pour lui permettre de flotter. Entraînement plus difficile puisque l'eau n'est pas un solide.